Pithovirus Sibericum, en chair et en cellules. Pas délit de sale gueule, il est inoffensif. En revanche, rien ne nous dit que ses copains encore emprisonnés sous la glace le seront également.

En septembre, un virus géant a été découvert dans le sous-sol sibérien. Mollivirus sibericum, c’est son nom, est parfaitement inoffensif pour l’humain. Mais sa découverte pose tout de même un certain nombre de questions et laisse la place à des scenarii plus inquiétants. Explications avec Jean-Michel Claverie, co-découvreur du virus avec Chantal Abergel.

« Comme bon nombre de découvertes scientifiques, ça s’est fait un peu par hasard », lance Jean-Michel Claverie. Ce virologue, chercheur au CNRS et enseignant à l’Université d’Aix-Marseille a trouvé en 2003 un virus géant, ne ressemblant à aucun organisme connu sur la planète. Devenu chasseur de virus, il en a trouvé plusieurs, dont PandoraVirus, en 2013, qui a fait l’objet d’une publication dans la Revue Science. Depuis, il parcourt la planète dans l’espoir d’en trouver de nouveaux. Du Chili à l’Angleterre, en passant par l’Australie, et finalement en Sibérie, il y a un mois.

2015 : encore un nouveau virus géant

En septembre, Jean-Michel Claverie et son équipe ont effectivement encore découvert un nouveau virus géant. Là encore, patrimoine génétique quasiment inconnu au bataillon. Et là encore, il ne ressemble pas aux précédents virus géants découverts. « Ce virus n’avait rien à voir avec ce que nous connaissions sur Terre, ni avec les premiers types de virus géants que nous avions trouvés. Il s’agit réellement d’un nouveau type de micro-organisme, d’une incroyable complexité génétique et qui a résisté à plus de 30 000 ans de frigo ». Automatiquement testés sur des tissus humains, ces virus ne semblent pas être dangereux. Pour l’instant en tout cas.

À l’aide d’une équipe de chercheurs russes, le virologue s’est procuré une portion du pergélisol (ou permafrost), vieille de 30 000 ans. « Nous avons « appâté » le virus avec une cible favorite de ces virus géant appelée amibe. Cela a fonctionné et plusieurs des cellules de l’amibe ont été infectées par ce virus vieux de plus de 30 000 ans. Cela ne veut pas dire qu’il est dangereux, mais ça montre qu’il est encore actif ».

”Leur dangerosité reste très improbable, mais pas impossible„

Une fois qu’un virus est trouvé, il s’agit donc de vérifier sa non-infection. « Pour cela, nous avons recours à la métagénomique : nous extrayons l’ADN du virus et nous recherchons alors la signature génétique des virus et bactéries que l’on connaît. Évidemment, on peut tout imaginer, puisque plus de 90% des gènes de ces entités ne ressemblent à absolument rien de ce qu’on connaît sur la planète ». La possibilité qu’ils soient porteurs d’une maladie inconnue sur Terre ou disparue n’est donc pas à exclure. En bon scientifique, Jean-Michel Claverie estime toutefois que l’hypothèse est « très improbable, mais pas impossible ». Et s’il ajoute qu’il ne faut pas tomber dans la paranoïa, il est également possible que l’on passe à côté d’un virus présent en toute petite quantité mais infectieux tout de même.

2020 : des dizaines d’autres virus découverts

Dans les années à venir, le problème pourrait se corser, car tout laisse penser que de nombreux autres virus géants sont encore inconnus. « Ça n’est plus un phénomène de foire, une anomalie. Ou alors nous sommes très bons et très chanceux d’avoir découvert les seuls virus géants existant ! Restons modestes et admettons qu’il en existe encore de nombreux à découvrir, ce que nous travaillons à faire ». Le chercheur est confiant sur ce plan-là. « En moins de dix ans nous aurons trouvé probablement des dizaines d’autres virus géants. Nous travaillons à trouver des virus enfouis plus profondément dans le pergélisol, et donc plus vieux. Plus nous creusons, plus nous remontons le temps. Il y a de fortes chances que nous trouvions des virus encore actifs vieux de 600 000 ans ou plus ».

En utilisant toujours le principe d’amibe comme appât, les virus capables d’êtres réactivés vont les repérer, leur sauter dessus et les infecter. « Ils attendent simplement leur cible favorite », indique Jean-Michel Claverie. Nous ne savons presque rien de ces virus vieux de 30 000 ans, en dehors de leur caractère inoffensif. L’apparition d’organismes congelés depuis 600 000 ans nous plongera donc dans l’inconnu. « Puisque les précédents étaient sans danger, on peut supposer qu’il en sera de même pour les prochains. Mais rien ne peut l’assurer ». Pour ces raisons, l’équipe se dote d’importants dispositifs de sécurité, d’éventuelles cellules de confinement et de batteries de tests pour ne prendre aucun risque.

Mais tous les acteurs de l’Arctique ne sont pas aussi précautionneux.

2025/2030 : industrialisation massive de l’Arctique

Car la région fait des envieux. Souvent présenté comme un nouvel Eldorado, le Grand-Nord est riche en hydrocarbures, en minéraux ou en diamants. « Avant, il y avait une idée largement répandue que le pergélisol était stérile. Ce qui permettait aux industriels de se dire que les forages étaient sans danger. Mais entre nos découvertes et la résurrection d’une plante prise dans la glace, cette idée est définitivement à mettre à la poubelle ». Ce qui n’enlève rien à l’attrait de la région. « Depuis de longues années déjà, les Russes ont très envie d’aller forer là bas. Et en général, on peut faire confiance aux Russes pour concrétiser leurs envies ».

La Russie n’est pas la seule à lorgner sur les ressources de l’Arctique. Il y a belle lurette que les pétroliers comme Total ou Shell se sont positionnés sur le dossier. Ces derniers ont d’ailleurs annoncé récemment leur retrait d’une zone de forage, ce qui a immédiatement provoqué des cris de victoire du côté des ONG environnementales.

En réalité, cet abandon semble plus justifié par une trop faible rentabilité du gisement qu’une sensibilité écologiste. Et tout laisse penser que les pétroliers vont continuer à industrialiser la zone. Au grand dam des chasseurs de virus.

« Nous prélevons des échantillons. Et nous savons ce que nous manipulons. Là, ce seront des milliers et des milliers de tonnes de sol gelé vieux de plusieurs dizaines de milliers d’années qui vont être littéralement labourées. Nous n’avons aucune idée de ce qu’il va ressortir de ces excavations. Que se passera-t-il si l’on réveille parmi ces virus des maladies comme la variole, que nous pensions avoir éradiquée ? »

”Si il y a un danger, alors on y va tout droit„

Sur ce point, le chercheur soumet une hypothèse inquiétante. « Les plus vieux échantillons que nous avons datent pour l’heure de 30 000 ans, hors on sait que Neandertal s’est éteint à peu près durant cette période, et précisément dans ces zones géographiques. Son extinction demeurant un mystère, il n’est pas du tout exclu que sa disparition soit due à un virus auquel il n’a pas pu faire face – comme la variole justement. Et si nous exhumons ce virus, on ne sait pas du tout si nous, humains actuels, résisterons mieux que lui ». S’il ne s’agit pas de céder à la panique, il indique qu’on ne peut pas évaluer le risque réel à l’heure actuelle. « Vu les méthodes employées, s’il y a un danger, alors on y va tout droit, ça ne sera pas vraiment évitable. Si on exhume un agent pathogène, alors l’épidémie sera locale, au minimum, voire plus ». Précisant que non, elle n’éradiquerait pas la race humaine. Nous voilà rassurés.

2060 : fonte du pergélisol

Une autre crainte est liée au réchauffement climatique, et certains estiment que le pergélisol commencera à fondre définitivement d’ici 50 ans. « Nous aurons des réponses (et sûrement des problèmes) bien avant ! Le pergélisol fond chaque année, par cycles. Cette fonte peut être superficielle ou importante. Les années de grande fonte, on a constaté d’importantes épidémies chez les populations de rennes. Ces épidémies sont causées par des libérations de bactéries d’anthrax ou de salmonellose prisonnières de la glace jusqu’alors ». Si nous voyons déjà apparaître des virus inconnus et des libérations d’anthrax, qui sait ce qui ressurgira lorsque le pergélisol sera encore plus fondu ?

Évidemment, cette fonte s’accélérera avec l’industrialisation de la région. Et une chose en entraînant une autre, cette accélération de la fonte du pergélisol libérera des quantités astronomiques de méthane dans l’atmosphère, accélérant à son tour le réchauffement de la planète. Que de réjouissances à l’heure où l’on tente de se cantonner à une petite augmentation de 2° !

2080 : des indices sur l’origine de la vie ?

Finissons sur une note positive. Car outre la possibilité que l’on suive le même sort que Neandertal ou que des émanations d’anthrax anéantissent des populations entières, ces virus posent de véritables questions sur nos origines. Mais il va falloir apprendre à mieux les connaitre. « Je pense que nous connaîtrons l’ensemble de ces 2500 gènes inconnus d’ici minimum 70/80 ans. Le problème c’est qu’entre temps on aura très certainement découverts des centaines d’autres virus géants, différents les uns des autres et possédant d’autres gènes inconnus. Il faudrait donc que d’ici là nous ayons percé le mystère de cette incroyable créativité génomique : quand et comment ces gènes inconnus sont-ils apparus ? »

Car ces nouveaux organismes n’ont pas leur place dans l’organigramme qui nous mène au plus lointain ancêtre commun que l’on connaisse. Pour le chercheur, ces virus géants sont des tests ratés, datant d’avant l’apparition de la vie telle que nous la connaissons. Des tentatives avortées d’évolution qui ont échoué. Ils pose la question de l’origine de la vie sur Terre. Jean-Michel Claverie espère que les prochains lui en apprendront un peu plus sur nos origines. Jusqu’à évoquer l’hypothèse d’une origine extra-terrestre ? Et pourquoi pas ? Il ne faut jamais rien exclure.

Pour aller plus loin :

Virus congelés : sans danger, vraiment ?

Category: Santé
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